Gene Shoemaker, genannt Eugene Merle Shoemaker (* 28. April 1928 in Los Angeles, Kalifornien, USA; * 18. Juli 1997 in der Nähe von Alice Springs, N.Terr., Austl.), Amerikanischer Astrogeologe, der - zusammen mit seiner Frau Carolyn Shoemaker und David H. Levy entdeckten 1993 den Kometen Shoemaker-Levy 9.
Shoemaker erhielt einen Bachelor-Abschluss in Geologie vom California Institute of Technology und einen Doktortitel von der Princeton University. Er arbeitete von 1948 bis 1993 für das US Geological Survey (USGS) und war danach emeritierter Wissenschaftler. In den 1960er Jahren gründete er die Astrogeologie-Abteilung der USGS und anschließend deren Astrogeologie-Zentrum in Flagstaff, Arizona. Er war bekannt dafür, den Aufprallursprung (und nicht den vulkanischen Ursprung) des Ortes zu bestätigen, der heute als Meteorkrater in Arizona bekannt ist seine Arbeit mit der National Aeronautics and Space Administration (NASA) bei Monderkundungsmissionen.
Obwohl sie nicht als Wissenschaftlerin ausgebildet wurde, interessierte sich Shoemakers Frau Carolyn auch aktiv für Astronomie. Zusammen wurden sie ab den 1980er Jahren zu einem erfolgreichen Kometen-Spotting-Team. In den frühen neunziger Jahren hatte Carolyn 32 Kometenentdeckungen zu verdanken, und Gene wurden 29 gutgeschrieben. Im März 1993 schlossen sich die Schuhmacher mit dem Kometenjäger Levy am Palomar Observatory in Südkalifornien zusammen, um den fragmentierten Kometen zu identifizieren, der später Shoemaker-Levy 9 genannt wurde im Orbit um den Planeten Jupiter. Im Juli 1994 spähten die Schuhmacher und Levy ängstlich durch Teleskope, um einige wichtige Fragmente des Kometen Pummel Jupiter zu beobachten, was eine spektakuläre Show für Himmelsbeobachter auf der ganzen Welt darstellte.
Gene starb drei Jahre später bei einem Autounfall, als das Paar in der australischen Wüste Einschlagkrater studierte.
