Das Konzil von Trient.
Im Mai 1536 veröffentlichte Papst Paul einen Einberufungsbullen für seinen geplanten Rat in Mantua. Er ermächtigte auch eine ausgewählte Gruppe von Kardinälen, einen Bericht über die Missbräuche innerhalb der Kirche zu erstellen. Unter der Führung von Kardinal Gasparo Contarini verurteilte diese Gruppe die Ordination schlecht vorbereiteter Priester, die Auswahl inkompetenter Bischöfe, die Anhäufung von Wohltaten und die Dekadenz der Orden, das Predigen und die Fürsorge für die Seelen. Der Bericht fiel jedoch in protestantische Hände und wurde von Luther bei einem gewaltsamen Angriff auf die römische Kirche und das Papsttum verwendet. Trotzdem verfolgte der Papst seine Pläne, das am 23. Mai 1537 in Mantua eröffnete Konzil abzuhalten. Mit unendlicher Geduld versuchte Paulus, die Opposition von Kaiser, Königen, Prälaten und Fürsten zu überwinden, indem er die Eröffnung des Rates im Laufe von neun Jahren immer wieder vorantrieb und verschob, doch schließlich gelang es ihm, sie von seinem Legaten, Kardinal Giovanni del, einweihen zu lassen Monte in Trient am 13. Dezember 1545.
Aus Rücksicht auf das Geschrei der Protestanten bestand der Kaiser darauf, dass sich der Rat hauptsächlich auf Disziplin und Reformen beschränkte. Trotzdem setzte sich die Entscheidung des Papstes durch, dass Lehrfragen Vorrang haben, und in seinen frühen Sitzungen erarbeitete das Konzil von Trient Dekrete über den Kanon der Schrift, die Erbsünde, die Rechtfertigung und die Sakramente sowie über Reformen. Die Angst vor der Pest und die Gefahr eines Angriffs durch bewaffnete protestantische Kräfte veranlassten den Papst, die Versetzung des Rates nach Bologna im Februar 1548 zu akzeptieren. Der Kaiser verbot jedoch den spanischen und deutschen Prälaten, nach Bologna zu gehen, und der Papst musste den Rat suspendieren am 17. September 1549. Dennoch hatte diese erste Phase des Konzils von Trient einen wesentlichen Schritt nach vorne gemacht, was zu einer gründlichen Reform der Lehre und Disziplin der Kirche führte.
Während seines gesamten Pontifikats besuchte Papst Paulus häufig Krisenherde in den Kirchenstaaten und darüber hinaus. Er war 1535 und 1537 in Civitavecchia; besuchte Lucca und Piacenza auf seinem Weg nach Nizza im Jahre 1538; erschien in Perugia, um die Stadt zu befrieden, nachdem seine Streitkräfte 1540 die Macht der Familie Colonna gebrochen hatten; und 1543 besuchte er Bologna auf seinem Weg nach Busseto, um den Kaiser zu treffen.
