Das britische Protektorat Basutoland wurde 1868 gegründet, um das Bergkönigreich Basotho vor der Übernahme durch Südafrika zu bewahren. Die Basotho (Süd-Sotho) wehten daher mit dem Union Jack und brauchten kaum eine eigene Nationalflagge. Jahrzehnte später wurde am Unabhängigkeitstag, dem 4. Oktober 1966, eine Nationalflagge zum Hissen entworfen, als die Nation als Königreich Lesotho bekannt wurde. Der Premierminister, Chief Leabua Jonathan, wollte die Flagge seiner eigenen regierenden Basotho National Party verwenden, die vier gleiche horizontale Streifen von oben nach unten in Blau, Weiß, Rot und Grün aufwies. Andere Parteien protestierten, und stattdessen zeigte die Nationalflagge vertikal grün, rot und blau mit einer weißen Silhouette eines typischen Sotho-Strohhutes.
Das Militär stürzte 1986 die Regierung von Jonathan, und am 20. Januar 1987 wurde eine neue Flagge gehisst. Diagonal geteilt enthielt sie ein weißes Dreieck für den Frieden, auf dem, braun dargestellt, Gestaltungselemente aus dem Basotho-Wappen standen. Der Tierhautschild in der Silhouette wurde durch einen Stab mit Straußenfedern und durch traditionelle Waffen, Assegai und Knobkerrie, ergänzt. Diese erinnerten an die Schlachten der Vergangenheit, die die Unabhängigkeit Basothos bewahrt hatten. Das grüne Dreieck am Fliegende der Flagge diente dem Wohlstand, und der blaue Streifen zwischen den anderen Farben symbolisierte Regen. Die Flagge wurde von einem Basotho-Soldaten mit technischem Rat von Frederick Brownell, dem Staatsherold von Südafrika, entworfen.
Am 4. Oktober 2006 wurde eine neue Flagge gehisst, um den 40. Jahrestag der Unabhängigkeit Lesothos zu feiern. Es besteht aus drei horizontalen Streifen in den gleichen Farben wie die vorherige Flagge, aber mit dem weißen Streifen in der Mitte, auf dem als schwarze Silhouette der traditionelle Sotho-Strohhut abgebildet ist.
