Bevor das Kosovo am 17. Februar 2008 seine Unabhängigkeit erklärte, hatte es nie den politischen Status gehabt, der es ihm ermöglichte, eine eigene Flagge zu tragen. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde das Kosovo als autonome Region (später autonome Provinz) der Republik Serbien in das sozialistische Jugoslawien eingegliedert. Die Bundesregierung genehmigte Flaggen nur für die verschiedenen jugoslawischen Teilrepubliken. Im Kosovo lebende ethnische Albaner durften jedoch schließlich die albanische Flagge hissen.
Das Kosovo blieb nach der Auflösung des sozialistischen Jugoslawien Anfang der neunziger Jahre Teil Serbiens, aber eine separatistische Bewegung in der Provinz gewann im Laufe des Jahrzehnts an Stärke. 1998 unternahm Serbien Strafmaßnahmen gegen Separatisten im Kosovo, gegen die 1999 von der Organisation des Nordatlantikvertrags (NATO) vorgegangen wurde. Das Kosovo wurde unter die Verwaltung der Vereinten Nationen gestellt, die nach der Unabhängigkeitserklärung des Kosovo von 2008 dort blieb, bis sie 2009 weitgehend durch Beamte der Europäischen Union (EU) ersetzt wurde. Serbien und eine große Anzahl anderer Länder waren weiterhin gegen diese Unabhängigkeitserklärung.
Ein formeller Wettbewerb wurde abgehalten, um eine Nationalflagge für das Kosovo auszuwählen. Viele der Einträge basierten direkt oder indirekt auf dem Design der albanischen Flagge. Das gewählte Muster - beeinflusst von der EU-Flagge - gab eine klare Erklärung ab, in der das Kosovo als multiethnisches Land hervorgehoben wurde. Die blauen und gelben Farben der EU-Flagge wurden für den Hintergrund bzw. die Silhouette der Flagge des Staatsgebiets verwendet, und der Kreis der weißen Sterne der EU-Flagge wurde im Bogen der weißen Sterne auf der Kosovo-Flagge parallelisiert. Die Sterne sollen für die sechs vorherrschenden ethnischen Gruppen des Landes stehen (Albaner, Bosniaken, Gorani, Roma, Serben und Türken). Ethnische Albaner und Serben im Kosovo nutzten jedoch weiterhin ihre jeweiligen Nationalflaggen.
