Klassifizierung nach "natürlichen Zeichen"
Linnaeus betrachtete das Sexualsystem nicht als seinen Hauptbeitrag zur „Reformation der Botanik“, die er anstrebte. Sein Hauptbeitrag kam in Form einer Broschüre, Fundamenta Botanica (1736; „Die Grundlagen der Botanik“), in der die Grundsätze und Regeln für die Klassifizierung und Benennung von Pflanzen festgelegt wurden.
1735 lernte Linnaeus Boerhaave kennen, der Linnaeus George Clifford vorstellte, einem lokalen englischen Kaufmann und Bankier, der enge Verbindungen zur Niederländischen Ostindien-Kompanie hatte. Beeindruckt von Linnaeus 'Wissen bot Clifford Linnaeus eine Stelle als Kurator seines Botanischen Gartens an. Linnaeus nahm die Position an und nutzte diese Gelegenheit, um bestimmte Kapitel der Fundamenta Botanica in separaten Veröffentlichungen zu erweitern: Bibliotheca Botanica (1736; „Die Bibliothek der Botanik“); Critica Botanica (1737; „Eine Kritik der Botanik“) zur botanischen Nomenklatur; und Klassen Plantarum (1738; "Klassen von Pflanzen"). Er wandte den in diesen Büchern festgelegten theoretischen Rahmen in zwei weiteren Veröffentlichungen an: Hortus Cliffortianus (1737), ein Katalog der in Cliffords Sammlung enthaltenen Arten; und Genera Plantarum (1737; „Pflanzengattungen“), die die Definitionen der zuerst von Tournefort angebotenen Pflanzengattungen modifizierten und aktualisierten.
Genera Plantarum wurde von Linnaeus als seine krönende taxonomische Leistung angesehen. Im Gegensatz zu früheren Versuchen anderer Botaniker, generische Definitionen zu erstellen, die durch eine Reihe willkürlicher Unterteilungen vor sich gingen, präsentierte Genera Plantarum ein System, das auf dem basiert, was Linnaeus die „natürlichen Merkmale“ von Gattungen nannte - morphologische Beschreibungen aller Teile von Blüten und Früchten. Im Gegensatz zu Systemen, die auf willkürlichen Teilungen beruhen (einschließlich seines eigenen Sexualsystems), könnte ein System, das auf natürlichen Merkmalen basiert, die wachsende Anzahl neuer Arten aufnehmen, die häufig unterschiedliche morphologische Merkmale aufweisen und von ihren ausländischen Handelsposten und Kolonien nach Europa strömen.
Linnaeus 'Unterscheidung zwischen künstlichen und natürlichen Klassifikationen von Organismen warf jedoch die Frage nach dem Mechanismus auf, der es Organismen ermöglichte, in natürliche Hierarchien zu fallen. Er konnte diese Frage nur in Bezug auf Arten beantworten: Arten waren laut Linnaeus in ihrer Form ähnlich, weil sie von demselben Elternpaar abstammen, das Gott zu Beginn der Welt geschaffen hatte. Viele seiner Zeitgenossen teilten ein ähnliches Artenkonzept. Eine solche bemerkenswerte Persönlichkeit war der französische Naturforscher Georges-Louis Leclerc de Buffon, der zu dieser Zeit an einem ähnlichen umfassenden naturhistorischen Projekt beteiligt war - obwohl Buffon an der Existenz natürlicher Gattungen, Ordnungen oder Klassen zweifelte. Linnaeus versuchte die Existenz dieser Spaltungen im Kontext der Hybridisierung zu erklären; Die Frage der natürlichen Hierarchien würde jedoch erst dann eine zufriedenstellende Antwort erhalten, wenn der englische Naturforscher Charles Darwin in seinem Origin of Species (1859) die Ähnlichkeit durch gemeinsame Abstammung erklärte.
