John Cotton (* 4. Dezember 1585 in Derby, Derbyshire, England), einflussreicher puritanischer Führer in Neuengland, der hauptsächlich als „Lehrer“ der Ersten Kirche von England diente Boston (1633–52) nach der Flucht vor der Verfolgung von Nonkonformisten durch die Church of England.
Cotton wurde am Trinity College in Cambridge ausgebildet und 1612 Pfarrer der Pfarrkirche St. Botolph in Boston, Lincolnshire. Er blieb 21 Jahre in diesem Amt. Während dieser Zeit wurde er in seiner Einstellung allmählich puritanischer und hörte bei der Erfüllung seiner Pflichten auf, bestimmte anglikanische religiöse Rituale zu beachten. 1632 wurden rechtliche Schritte gegen ihn wegen seines Nonkonformismus eingeleitet, und im Juli 1633 wanderte er in die Massachusetts Bay Colony aus, wo er „Lehrer“ der Ersten Kirche von Boston wurde und dies bis zu seinem Tod blieb. Seine Popularität in der Kolonie war unbegrenzt, und sein Einfluss sowohl in bürgerlichen als auch in kirchlichen Angelegenheiten war wahrscheinlich größer als der eines anderen Ministers im theokratischen Neuengland.
Cotton schrieb mehrere Werke, die eine unschätzbare Darstellung des New England Congregationalism darstellen, darunter The Way of the Churches of Christ in New England (1645) und The Way of Congregational Churches Cleared (1648). Der Katechismus, den er schrieb, Milch für Babes, gezeichnet aus den Brüsten beider Testamente (1646), wurde in Neuengland viele Jahre lang häufig für den Religionsunterricht von Kindern verwendet.
