Obwohl es in Panama im 19. Jahrhundert Sezessionsbewegungen gab, als es Teil Kolumbiens war, gab es keine anerkannte panamaische Flagge. Als der kolumbianische Senat 1903 den vorgeschlagenen Vertrag mit den Vereinigten Staaten ablehnte, der den Bau eines Panamakanals vorgesehen hätte, unterstützten die Amerikaner die panamaische Unabhängigkeitsbewegung, und die Republik Panama wurde gegründet.
Zunächst wurde ein Flaggendesign vorgeschlagen, das die Farben der kolumbianischen Flagge verwendete. Es bestand aus gleichen horizontalen Streifen von Rot und Gelb mit einem blauen Kanton, der zwei miteinander verbundene gelbe Sonnen trug, was die Verbindung der beiden Hälften des Planeten durch den zukünftigen Panamakanal symbolisierte. Das endgültig gewählte Flaggendesign wurde am 4. Juli 1904 offiziell; es wurde vierteljährlich mit zwei Sternen geteilt. Die zugeschriebene Symbolik war der Wechsel der beiden großen politischen Parteien in der Regierung (ursprünglich war Rot für die Liberalen, Blau für die Konservativen und Weiß für den Frieden zwischen ihnen), obwohl die Farben und Sterne deutlich auf den Einfluss der Flagge von hinwiesen Die Vereinigten Staaten. Die panamaische Flagge wurde von Manuel E. Amador, dem Sohn des ersten Präsidenten der neuen Republik, entworfen.
