Die Afrikanische Partei für die Unabhängigkeit von Guinea und Kap Verde (PAIGC) fand in diesen portugiesischen Kolonien sofort Unterstützung für ihre Botschaft des sozialen und wirtschaftlichen Fortschritts durch politische Revolution. 1961 nahm sie eine Flagge an, die derjenigen der unabhängigen Nachbarländer Guinea und Ghana ähnelte, die dann über eine künftige Föderation westafrikanischer Länder diskutierten. Die Befreiungsbewegung für Guinea-Bissau fügte ihrem panafrikanischen Rot-Gelb-Grün einen schwarzen Stern auf dem Hebezeugstreifen hinzu. Dieser Streifen und Stern entsprachen geografisch der westlichen Küstenregion mit ihrer Hauptstadt Bissau (von der der nationale Name abgeleitet wurde). Die horizontalen Streifen im restlichen Teil der Flagge und ihre gelben und grünen Farben entsprachen in etwa den Savannen des Nordens und den Wäldern des Südens.
Offiziell galt der schwarze Stern als Symbol der PAIGC-Führung. Seine Farbe bezieht sich auf das afrikanische Volk und seine Entschlossenheit, in Würde, Freiheit und Frieden zu leben. Gelb wurde sowohl in der Landwirtschaft als auch auf andere Weise als Symbol der Ernte und der Früchte der Arbeit interpretiert. Green erinnerte sich an die riesigen Dschungel und landwirtschaftlichen Flächen, die der überwiegenden Mehrheit der Bürger ihren Lebensunterhalt ermöglichten. Die Parteifahne enthielt auch die Initialen PAIGC, die bei der Unabhängigkeitserklärung am 24. September 1973 weggelassen wurden. Portugal erkannte Guinea-Bissau oder seine Flagge erst nach seiner eigenen Revolution im Jahr 1974 an. Dennoch war ein Großteil von Guinea-Bissau bereits unter der Kontrolle der PAIGC und ihrer Flagge. Kap Verde gab schließlich die marxistische Politik der PAIGC auf und änderte ihre Nationalflagge, aber Guinea-Bissau behält das ursprüngliche Design bei.
