Bosnien mit seiner gemischten ethnischen Bevölkerung entwickelte niemals eigene nationale Symbole. Unter dem kommunistisch geführten Jugoslawien beispielsweise verwendete die Sozialistische Republik Bosnien und Herzegowina von 1946 bis 1991/92 einfach ein rotes Banner mit einer kleinen Version der jugoslawischen Nationalflagge im Kanton. Zum Zeitpunkt der Unabhängigkeitserklärung am 3. März 1992 gab es keine Flagge, die für die Bosnier, Serben und Kroaten des Landes akzeptabel war. Die von Bosnien dominierte Regierung nahm daher das an, was sie hoffte, ein neutrales Symbol aus der fernen Vergangenheit zu sein. Es wählte das Wappen von König Stjepan Tomaš (reg. 1443–61), das es dem größten mittelalterlichen bosnischen Herrscher, Tvrtko I. (1377–91), zuschrieb. Dieser blaue Schild mit einem weißen diagonalen Streifen, der sechs goldene Lilie trennt, wurde in die Mitte einer weißen Flagge gelegt. Die am 4. Mai 1992 offiziell verabschiedete künstlerische Darstellung wurde von Zvonimir Bebek erstellt.
Diese Flagge wurde von vielen Kroaten und Serben abgelehnt, als die Nation in einen Bürgerkrieg abrutschte. In den 1995 in Dayton, Ohio, USA, unterzeichneten Friedensabkommen wurde die Aufteilung des Landes zwischen der Serbischen Republik und der Föderation Bosnien und Herzegowina anerkannt, die oft als kroatisch-muslimische Föderation bezeichnet wird. Jeder Staat hatte seine eigenen Symbole, und die Kroaten verwendeten weiterhin die kroatische Flagge anstelle der Föderationsflagge, aber die Flagge der Republik von 1992 wurde international immer noch anerkannt.
Die Abkommen von 1995 forderten die Schaffung einer Flagge als Ersatz für das Design von 1992, aber der nationale Gesetzgeber war in dieser Hinsicht unwirksam. So gründeten die Vereinten Nationen eine neue Flagge (4. Februar 1998), die nicht symbolisch mit einer einzigen ethnischen, religiösen oder politischen Gruppe verbunden werden konnte.
