Dritter Hof
Das überdachte Tor der Glückseligkeit führt zum dritten Hof oder zum innersten Hof, in dem sich die private Residenz des Sultans und die innere Palastschule befanden. Nur der Sultan, Mitglieder seiner Familie, seine Diener und der gelegentlich genehmigte Besucher konnten eintreten. Die Besucher des Sultans konnten nur bis zur Audienzkammer gehen und sollten strenge Gepflogenheiten einhalten. Sie konnten keinen Augenkontakt herstellen oder direkt mit dem Sultan sprechen, sondern senkten stattdessen den Kopf, warfen die Augen nach unten und sprachen mit dem Übersetzer des Sultans.
Bevor Murad III. Im 16. Jahrhundert seinen Wohnsitz in den Harem verlegte, befanden sich die Wohnungen des Sultans im dritten Hof des Gebäudes, das oft als Kammer der Heiligen Reliquien bezeichnet wird. Der Name leitet sich von seiner Rolle als Aufbewahrungsort für islamische Relikte ab, darunter Mantel, Schwert und Bogen des Propheten Muhammad, die alle erhalten wurden, als Selim I. 1517 die Mamlūk-Dynastie in Ägypten eroberte und das Kalifat an die Osmanen weitergab.
Die Schlafsäle der königlichen Seiten, die Teil einer Hierarchie von Dienern des Sultans waren, befinden sich ebenfalls im dritten Hof. Die meisten Seiten wurden als Jungen aus der eroberten christlichen Bevölkerung über das Devşirme-System rekrutiert, bei dem Jungen als Steuer- oder Tributform aus ihren Familien entfernt wurden. Nachdem sie neue Namen erhalten und zum Islam konvertiert waren, wurden den klügsten Jungen bestimmte Rollen zugewiesen und sie erhielten eine strenge Ausbildung, während sie Löhne verdienten. Sie folgten einer Meritokratie und konnten so hohe Positionen als Großwesir erreichen, aber viele Männer wurden mit 25 Jahren befreit und heirateten ein Mädchen des Harems oder eine Tochter des Sultans. Die Schlafsäle der königlichen Seiten beherbergen heute Teile der kaiserlichen Sammlungen. Die Porträts der Sultane befinden sich zum Beispiel im Schlafsaal der Geheimkammer, und die kaiserliche Garderobe befindet sich im Schlafsaal der Aktivisten. Viele der Objekte in beiden Sammlungen zeigen das Können der Handwerker des Palastes sowie Veränderungen in Technik und Mode. Die Zuschauer können die deutliche Veränderung der Kleidung im 19. Jahrhundert beispielsweise durch den Kleiderschrank und die Porträtsammlung sehen, als europäische Militärkleidung den Kaftan des Sultans ersetzte und der Fez den Turban ersetzte.
Eine der berühmtesten Sammlungen des Palastes ist die der kaiserlichen Juwelen, die im Pavillon des Eroberers, ebenfalls im dritten Hof, untergebracht sind. Zu den Beständen gehören der sogenannte Spoonmaker's Diamond, einer der größten Diamanten im Schliff der Welt, und der smaragdgrüne Topkapı-Dolch, der im Kapernfilm Topkapi von 1964 fasziniert ist. Wie die anderen Teile der Sammlung des Museums bestätigt auch die Juwelensammlung zum großen Reichtum des Osmanischen Reiches.
In der Mitte des dritten Innenhofs befindet sich die Bibliothek von Sultan Ahmed III., Die wie viele Gebäude des Palastes mit bemalten Fliesen, Buntglasfenstern und Fensterläden mit Perlmutt- und Elfenbeineinlage aufwendig dekoriert ist. Die Büchersammlung wurde im 20. Jahrhundert mit anderen Palastbüchern konsolidiert und in die Moschee der Aghas verlegt, die die größte Moschee im Palast ist und sich nebeneinander befindet. Die Sammlung des Topkapı-Palastes umfasst seltene Manuskripte, illustrierte Bände und frühe Kopien des Korans, die alle Forscher im Lesesaal einsehen können.
Vierter Hof
Der dritte Innenhof erstreckt sich bis zum vierten Innenhof, der hauptsächlich aus Terrassengärten und Pavillons besteht. Es ist die Heimat der üppig dekorierten Beschneidungskammer, des Bagdad-Pavillons und des Eriwan-Pavillons. Eine der markantesten Strukturen des vierten Hofes ist die malerische Iftar Pergola aus vergoldeter Bronze, in der Sultane ihr Fasten brechen würden, wenn der Ramadan im Sommer fallen würde. Viele der osmanischen Sultane interessierten sich für Blumen und Gartenarbeit, und die Gärten im vierten Innenhof sind wie während der Regierungszeit der Osmanen mit Tulpen gefüllt.
Harem
Der Harem war das Wohnviertel der Familie des Sultans und wurde streng nach Geschlecht aufgeteilt. Im 16. Jahrhundert wurde es auch die Residenz des Sultans, als Murad III dort Wohnungen bauen ließ. Wie der Rest des Palastes wurde der Harem ständig renoviert und wuchs je nach Bedarf. Das Ergebnis ist ein eher mazelartiges Layout und viele Architekturstile.
Um den Harem zu betreten oder zu verlassen, mussten die Bewohner durch den gepflasterten Innenhof der schwarzen Eunuchen zum Haupttor, auch Royal Gate genannt, gehen. Schwarze Eunuchen bewachten den Harem und wurden wahrscheinlich auf Sklavenmärkten in eroberten Ländern gekauft und vor der Pubertät kastriert. Wie die königlichen Seiten erhielten Eunuchen Löhne und folgten einer Meritokratie, aber im Gegensatz zu den Seiten wurden nur wenige Eunuchen jemals befreit. Ihre Wohnräume sowie die Schatzkammer und die Schule der Fürsten umgaben diesen Hof.
Hinter dem Haupttor befindet sich der gepflasterte Innenhof der Königinmutter, der größte und zentralste Innenhof des Harems. Die Königinmutter war das Machtzentrum im Harem. Sie wurde die Valide Sultanin genannt und war die Hauptgemahlin, deren Sohn auf den Thron gestiegen war. Sie hatte auch erheblichen Einfluss auf den Sultan, der jeden Morgen in ihren zentral gelegenen Wohnungen Halt machte, um sie über die Staatsangelegenheiten zu informieren.
Die Wohnungen des Sultans waren durch ein weißmarmoriertes Doppelhammam, ein türkisches Bad, mit dem der Königinmutter verbunden. Eine Seite des Hammams war dem Sultan und die andere den Frauen des Harems vorbehalten. Der Rest der Residenz des Sultans umfasst einen Thronsaal und drei Geheimkammern. Der Geheimraum von Murad III ist das älteste und am besten erhaltene Gebäude im Harem und wurde von einem der berühmtesten Architekten des Osmanischen Reiches, Sinan, entworfen. Der gewölbte Raum ist aufwendig mit İznik-Kacheln und Kalligraphien dekoriert, die Verse aus dem Koran rezitieren. Ein weiterer Geheimraum, der Obstraum, wurde von Ahmed III. Hinzugefügt und ist ungewöhnlich mit zart lackierten Früchten und Blumen dekoriert.
Die Söhne, Töchter, Brüder und Schwestern des Sultans lebten ebenfalls im Harem und besetzten eines der Hunderte Zimmer des Harems. Die Zwillingspavillons zum Beispiel waren wahrscheinlich ab dem 18. Jahrhundert die Wohnräume der Söhne des Sultans.
Der Harem hatte auch Wohnräume für Dienerinnen, Konkubinen und Hauptgemahlinnen des Sultans, und die Räume waren über die Galerie der Konkubinen vor dem Haupttor zugänglich. Viele dieser Frauen kamen als junge Mädchen als Geschenke oder Einkäufe vom Sklavenmarkt und folgten wie die übrigen Dienerinnen des Palastes einer Meritokratie. Sie übernahmen servile Aufgaben, während sie Löhne und Ausbildung erhielten, um entweder Ehefrau einer der Seiten oder Konkubine für den Sultan zu werden. Wenn eine junge Frau als Konkubine ausgewählt würde, könnte sie sich verbessern und bessere Unterkünfte erhalten, wenn sie dem Sultan ein Kind gebar. Wenn das Kind ein Mann wäre, der den Thron bestieg, würde die Konkubine die mächtigste Position des Harems als Königinmutter einnehmen. Die meisten Mädchen des Harems wurden jedoch im Alter von 16 oder 17 Jahren befreit und nach ihrer Ausbildung verheiratet.
