John Knowles Paine (* 9. Januar 1839 in Portland, Maine, USA; * 25. April 1906 in Cambridge, Massachusetts), Komponist und Organist, der als erster Amerikaner als Komponist und erster Professor für Musik an der Universität anerkannt wurde eine amerikanische Universität.
Nach einer gründlichen musikalischen Ausbildung in Portland schloss Paine sein Studium in Berlin ab (1858–61). 1861 initiierte er eine Reihe von Orgelkonzerten und Vorlesungen in Boston, die 1862 zu seiner Ernennung zum Musiklehrer (später Professor) an der Harvard University führten. Die Musikabteilung, die er dort organisierte, wurde zum Vorbild für viele andere amerikanische Universitäten.
Sowohl als Lehrer als auch als Komponist war er maßgeblich an der Entwicklung der Musik in den USA beteiligt. Zu seinen Werken, die im Allgemeinen den deutschen Klassikern nachempfunden sind, gehören zwei Symphonien, eine Messe in D (1866–67) und das Oratorium St. Peter (1872).
