Die Unabhängigkeit Mittelamerikas wurde erstmals am 15. September 1821 proklamiert, aber Mexiko unterwarf das Gebiet dann zwei Jahre lang. Die Flagge der neu unabhängigen Vereinigten Provinzen Mittelamerikas wurde am 21. August 1823 angenommen und bestand aus blau-weiß-blauen Streifen mit dem nationalen Wappen in der Mitte. Diese Arme enthielten im Grunde die gleichen Designelemente, die Nicaragua heute verwendet. Auch nachdem die fünf Mitgliedstaaten der Föderation unabhängige Länder geworden waren, hisste Nicaragua weiterhin die alte Flagge. Schließlich wurde 1854 eine neue horizontale nicaraguanische Trikolore aus gelb-weiß-scharlachrot gewählt, die jedoch nicht lange flog. Bürgerkrieg und Intervention nordamerikanischer Filibuster (militärische Abenteurer) führten anschließend dazu, dass eine Reihe von Flaggen eingeführt und schnell ersetzt wurden.
1908 wurde die alte Föderationsflagge als nationales Banner von Nicaragua mit entsprechenden Änderungen im Wappen wieder aufgenommen. Dieses grundlegende Design mit weiteren Änderungen am Wappen wurde durch das Gesetz vom 27. August 1971 bestätigt, obwohl die rot-schwarze horizontale Zweifarbe der sandinistischen Bewegung während der Jahre der sandinistischen Herrschaft (1979) de facto eine sekundäre Nationalflagge war –90). Das Wappen auf der Flagge enthält ein Dreieck für Gleichheit, eine Freiheitskappe für Freiheit und fünf Vulkane zwischen zwei Ozeanen, symbolisch für die fünf ursprünglichen zentralamerikanischen Länder zwischen dem Atlantik und dem Pazifik.
