Bei ihrem Aufstand gegen die spanische Herrschaft zeigten die ecuadorianischen Patrioten in der Stadt Guayaquil am 9. Oktober 1820 eine Flagge mit fünf gleichen horizontalen Streifen in Hellblau und Weiß mit drei weißen Sternen in der Mitte. Die Farben und Streifen wurden von den argentinischen Flaggen inspiriert, die José de San Martín und seine Armee der Anden trugen. General Antonio José de Sucre, der am 24. Mai 1822 in der Schlacht von Pichincha gegen die Spanier siegte, hisste die horizontale gelb-blau-rote Trikolore, die Francisco de Miranda 1806 in Venezuela geflogen hatte. Diese beiden Flaggentraditionen aus anderen ehemaligen spanischen Kolonien beeinflussten die Flaggen Ecuadors im gesamten 19. Jahrhundert.
Zunächst wurde am 2. Juni 1822 eine weiße Flagge mit einem weißen Stern auf einem blauen Kanton angenommen; es wurde am 6. März 1845 durch eine Flagge aus weiß-blau-weißen vertikalen Streifen und drei weißen Sternen ersetzt. Später in diesem Jahr wurde die Anzahl der Sterne auf sieben erhöht. Unter Gabriel García Moreno wechselte das Land am 26. September 1860 zu den ungleichen gelb-blau-roten Streifen, die vom benachbarten Kolumbien verwendet wurden. Diese Entscheidung wurde am 10. Januar 1861 ratifiziert und am 5. Dezember 1900 erneut bestätigt. Das Wappen Ecuadors erscheint auf der Flagge, wenn es im Ausland oder für offizielle Zwecke verwendet wird, um es von der Flagge Kolumbiens zu unterscheiden. Das Design beinhaltet einen Kondor auf einem ovalen Schild mit schneebedeckten Bergen, einem Fluss, einem Dampfschiff und einer Sonne. Ein Kranz, drapierte Fahnen und Faszen runden das Design ab.
